2020年6月至今是生信经理
工作职责:
1. 主导公司各类肿瘤分析项目的自动化流程开发和持续优化,以及相关数据库的积累和更新;
2. 协调各类商业样本的生物信息分析,研判疑难结果,确保如期交付;
3. 跟进行业动态,对新软件、新算法的准确性、运行速度、资源消耗等进行比较和评估;
4. 主导各类质评上报、软著申请、测序仪和panel评估、科研论文的数据支持等工作;
5. 生物信息集群的日常管理和维护。
主要业绩:
1. 主导或独立完成MSI、TMB、TNB、HLA、HRD、1p19qdel、病毒感染等多项肿瘤高级分析模块及HRD(genomicSNPpanel)、1p19qdel(低深度WGS)、MRD、RNA-融合等专项分析流程的开发和准确性评估,丰富产品线;
2. 独立开发基于UMI的去重算法、用于筛选SNV/InDel的泊松分布模型等,提高变异检测的准确性;
3. 主导或独立完成公司各产品线(涵盖 panel/WES/WGS、ctDNA/tumor tissue、tumor only/T-N pair、Germline/Somatic、探针/多重PCR、DNA/RNA)的自动化监控、分析、通知,提升生产的自动化水平,降本增效;
4. 独立承担并满分通过NCCL大panelTMB室间质评预研活动,主导并满分通过历年各次国际、国内肿瘤相关质评。
典型项目:
1.MRD自动化分析流程开发(2023.04--2023.06)
分析流程通过检测经治疗后患者的ctDNA突变,以期更早发现可能存在的微小残留病灶,提示肿瘤复发风险。流程
可自动检索患者治疗前的突变数据,对治疗后样本进行超低频突变挖掘,利用自身白细胞对照、正常人群对照集去除克隆
性造血突变,利用纠错去重算法和正常人群对照集去除其它背景噪音,不同位点阈值动态变化,保证准确检出频率在0.2%
以上的突变,进而根据专家共识得出MRD状态。

工作职责:
1. 负责肿瘤体细胞变异检测自动化分析流程开发;
2. 负责肿瘤变异高级分析模块开发;
3. 负责低深度单细胞测序数据的CNV检测流程开发。
主要业绩:
1. 独立完成肿瘤体细胞变异检测的整套自动化分析流程开发和“全国肿瘤体细胞基因突变高通量测序检测生物信息学分
析”质评样本的生物信息学分析,满分通过;
2. 独立完成多项肿瘤变异高级分析的模块开发,如变异类型统计、突变基因分布统计、富集分析、突变频谱分析、突变
蛋白互作图等;
3. 独立完成低深度单细胞测序数据的CNV检测流程开发。
典型项目:
1. 低深度单细胞测序数据的全面评估和CNV检测流程开发(2017.12--2018.02)
调研并选用基于负二项模型的readDepth算法开展低深度单细胞测序数据的CNV分析,评估GC、mapability、
smoothing、controlset等矫正方法下的MAPD及它们对CNV分析结果的影响,开发自动化分析流程。流程可准确地
对低至1X的单细胞WGS数据进行精度为1M的CNV分析,对BT-474细胞系的检测灵敏度为96.9%(31/32)。
2. 满分通过全国肿瘤体细胞基因突变高通量测序检测生物信息学分析室间质评(2017.11--2017.12)
独立承担肿瘤体细胞变异检测的整套自动化流程开发(已于活动前完成)和质评样本的生物信息分析,对突变进行IGV
过滤,对注释进行人工修正。精准完成了总计95个SNV/InDel的检测和注释,无假阳、假阴性结果,满分通过。本次
Illumina测序数据的全国实验室满分通过率为42.5%(34/80)。

工作职责:
1. 承担基于二代测序数据的肿瘤科研分析流程体系建立与评估,以及高级分析模块调研与开发,并撰写相关技术文档;
2. 负责肿瘤遗传变异检测流程的维护与优化;
3. 承担部分科研项目分析、售后和运营管理,参与科研报告模板设计与完善。
主要业绩:
1. 完成多项肿瘤科研分析模块开发与标准流程化,如EB病毒感染筛查、HLA分型与肿瘤新抗原预测(免疫治疗方向)、
CNV区域统计图/表、共有/差异突变分析、家系遗传图、易感基因筛查、肿瘤进化树、肿瘤驱动基因预测、肿瘤异质性
与克隆结构分析、杂合性缺失(LOH)分析、突变蛋白域分布图、下机数据监控与分析任务自动化投递、小鼠基因组变异
检测等;
2. 完成30余个基于高通量测序数据的肿瘤科研项目综合分析与科研报告。
典型项目:
1. 肿瘤新抗原预测分析(2016.10--2016.11)
将独立开发的个性化分析产品“HLA分型与肿瘤新抗原预测分析”(已于项目前完成)应用于一项接自北京某医院
的肝癌患者肿瘤新抗原预测项目(临床),在变异检测的基础上开展与患者HLA分型相吻合的肿瘤新抗原预测。后期跟进
得知医院根据预测结果通过第三方合成了肿瘤新抗原短肽,对患者进行免疫治疗,确有部分患者病情好转。
2. 脑胶质瘤变异挖掘(小鼠模型)(2016.06--2016.07)
独立承担一个利用小鼠模型研究人类脑胶质瘤变异基因的科研项目,搭建针对小鼠WGS测序数据的变异检测和注释
流程,通过IGV进行变异过滤,利用NCBI数据库挖掘与小鼠突变基因同源的人类基因,进行后续标准化综合分析和个
性化分析,最终交付分析结果和科研报告。在完成项目的同时,建立起小鼠全基因组分析流程,增添了一个新的个性化分
析产品。

工作职责:
1. 参与实验室、温室管理和野外实验,协助组内成员实验的正常运行,并负责实验材料的培养与维护等技术支撑工作;
2. 进行实验示范与独立试验,参与数据收集、整理和部分技术攻关等课题活动,参与文献查阅整理、课题申请等科研活
动;
负责一般行政事务管理,包括人员沟通、材料交付、报表填报等事项。
科研成果
1. Ya-junZhou,WeiZheng,Qing-huaZeng,YangYe,CeWang,ChengFang,Chao-junLiu,LiNiu,Li-mingWu.
Targeted exome sequencing identifies mutational landscape in a cohort of 1500 Chinese patients with
non-smallcelllungcarcinoma.HumGenomics.2021Apr12;15(1):21.doi:10.1186/s40246-021-00320-9
2. 王策, 杨艳歌, 吕维涛, 周春菊, 孙冬梅, 邓馨. 玉米A亚族bZIP转录因子基因ZmbZIP81的克隆、表达与功能分析[J].
作物学报,2014,40(9):1549-1556
3. 王策, 秦静静, 甘红豪, 李红, 罗志斌. 毛果杨全基因组磷酸根转运蛋白家族成员序列分析[J]. 浙江农林大学学报,
2012,29(4):516-526
4. 国家发明专利:OsPYL9蛋白及其编码基因和应用(专利号:ZL201310530002.7)